En su interior se han encontrado varios santuarios prehistóricos y 63 especies de invertebrados cavernícolas, de las cuales 4 son exclusivos de estas cuevas. El paisaje, de calidad única, se caracteriza por su relieve de cuestas formando un cejo calizo, que divide dos regiones biogeográficas bien diferenciadas, la Región Eurosiberiana y la Región Mediterránea.
En la primera se corresponde con la zona norte donde se encuentran los Montes de Somo lugar de nacimiento de los ríos y arroyos que atravesando el verde valle han llegado hasta el cejo calizo y han formado la mayor red de cavidades conocida en España y una de las más importantes de Europa y del mundo, el Complejo Kárstico de Ojo Guareña.
Los ríos Guareña y Trema se sumen en sumideros para luego circular por el interior de las galerías formando un laberinto de cuevas y resurgir al exterior kilómetros más abajo; en la zona sur o región Mediterránea nos encontramos con valles pequeños dedicados al cultivo de cereal, pastizales artificiales, patatales, etc.
La fauna en este espacio presenta gran diversidad de especies, de las que destacamos las aves nidifican tés que aprovechan los cantiles rocosos, como el águila real, el alimoche y los buitres leonados, también otras aves forestales como el azor, el gavilán, el halcón peregrino, el águila culebrera, o las rapaces nocturnas como el cárabo o el búho real.
Los mamíferos también están presentes en este espacio como el desmán de los pirineos, el lirón careto, la marta, la gineta, el gato montés, el jabalí, el corzo y la presencia puntual del lobo.
Los murciélagos utilizan las cuevas como área de cría, refugio invernal o área de reposo, la fauna más importante la encontramos en el interior de la Cuevas de Ojo Guareña, que hasta la fecha se han descubierto cerca de 120 especies, sin duda es un lugar para visitar y disfrutar del entorno que lo rodea.
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